Sau khi nhận chiêu an, ông cùng các đầu lĩnh tham gia các chiến dịch đánh dẹp quân Liêu và các lực lượng khác chống đối triều đình nhà Tống. Trước chiến dịch đánh Phương Lạp, ông cùng Kim Đại Kiên bị vua Tống lưu lại kinh đô để phục vụ trong triều đình. Do vậy Hoàng Phủ Đoan không tham gia chiến dịch này. Từ đó ông trở thành bác sĩ thú y của triều đình.